实验室遵照《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的各项规定，借鉴先进实验室经验，建立了较全面、完备的运行管理规章制度，包括学术委员会工作章程、室务委员会工作章程、研究课题申请和管理办法、经费管理办法、以及人员、设备、项目、成果等方面的管理细则，以贯彻“开放、流动、联合、竞争”的原则。实验室形成并保持了良好的科研氛围和学术风气，没有违反学术道德的事件发生。

实验室实行学术委员会指导下的主任负责制。在实验室主任领导下，室务委员会负责实验室的日常管理工作，根据主管部门审定的研究方向和学术委员会提出的建议，组织执行实验室的科学研究、学术活动和行政管理。

学术委员会是实验室的学术指导机构，每年至少召开一次会议，审议实验室的研究方向、目标和任务、重大学术活动、年度工作等，审批开放课题，对实验室科研进展情况进行评估，根据审议与评估的结果向实验室主任及依托单位提出相关工作建议。

实验室实行课题制管理，研究队伍由固定人员和流动人员组成。固定人员包括研究人员、技术支撑人员和少量管理人员；流动人员包括客座研究人员、外聘人员、博士后、博士和硕士研究生等。根据实验室编制，严格控制固定人员的数量和比例，注意稳定一支高水平的技术支撑队伍。

实验室实行岗位聘任制，根据工作需要制定年度岗位增设计划，明确岗位名称、职责、要求和待遇。课题组长按实验室所设研究方向，按照公开、平等、竞争、择优的原则，面向国内外公开选聘；以引进国外杰出人才、百人计划等多种方式从国内外公开招聘优秀青年学术骨干；其他研究人员由学术带头人和课题组长根据研究工作的需要、承担项目情况，在编制范围内聘任。

项目管理：课题组长的聘任和经费分配将根据科研任务完成情况和考评结果予以动态调整，同时给予科研人员以一定的自由探索的空间和时间。

经费管理：除各项常规经费外，设立实验室主任基金，在运行补助费中列支，由实验室主任管理，主要用于支持具有创新思想的课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。

成果管理：加强知识产权保护，对在实验室支持下完成的专著、论文、软件、数据库等研究成果均应署实验室正式名称，专利申请、技术成果转让、申报奖励按国家有关规定办理。开放课题取得的成果应由本实验室和研究人员所在单位共享。

设备管理：建立健全内部规章制度，重视和加强管理，特别注重技术平台、公用仪器设备以及计算机信息网络的建设与使用效率。实验室仪器设备较好地满足了科研工作的需要。

考核与评价制度：坚持对课题组进行定量与定性相结合的年度考核，依据考核结果给予奖励并在经费分配上予以倾斜。