脑与认知科学国家重点实验室2005年经科技部批准建设，2007年通过验收并正式开放运行。在两次国家重点实验室评估中获“优”。

本实验室多年来，围绕“认知的基本单元”、“学习和决择”的认知科学重大科学问题，开展了多进化层次、多认知层次、多学科层次的研究，取得系统的、原创性的成果。实验室还开展了认知的分子神经机制及认知障碍的卓有成效的研究。实验室建设了以超高场强磁共振成像为核心、各种脑成像方法结合为特色的在世界上屈指可数的脑成像设施。实验室特别注重发挥认知科学对脑疾病研究不可替代的作用，在认知变量，认知实验范式，脑认知成像等方面，开展多种精神和神经疾病的科学定义和行为模型、客观行为检测和诊断方法的创新研究。

近5年实验室主持973项目2项，主持基金委创新群体1项、主持中科院先导（B）项目1项。获国家自然科学奖二等奖1项。在Science、Nature子刊、PNAS等顶级刊物上发表论文28篇，发表SCI论文380余篇。

实验室现有面积9000多平方米。实验室装备了3T (Prisma) 和7T全身磁共振成像系统、脑磁图 (CTF Omega) 和脑电系统、各种光成像系统、分子生物学和电生理的装备，及把这些系统结合起来的软硬件环境。

实验室与MIT、UCLA、UPenn、University of Nottingham，Queensland University等建立了多个脑与认知科学领域的联合实验室。

实验室发起成立了国家一级学会 — 中国认知科学学会，时任实验室主任担任理事长。