| 奖项 | 获奖人 | 年度 | 导师 |
| 技部创新人才推进计划中青年科技创新领军人才 | 蒋毅 | 2018 | / |
| 中国科学院优秀导师奖 | 王晓群 | 2018 | / |
| BHPB导师科研奖 | 王晓群 | 2018 | / |
| 中国科学院院长特别奖 | 钟穗娟 | 2018 | / |
| BHPB奖学金 | 钟穗娟 | 2018 | / |
| 国家百千万人才“有突出贡献中青年专家” | 蒋毅 | 2017 | / |
| 科技北京百名领军人才 | 蒋毅 | 2017 | / |
| 宝钢优秀教师奖 | 赫荣乔 | 2017 | / |
| 朱李月华优秀博士生奖 | 邹金佑 | 2017 | 张朋 |
| 朱李月华优秀博士生奖 | 范晓旭 | 2017 | 何生 |
| 国家奖学金 | 刘静 | 2017 | 王晓群 |
| 国家奖学金 | 范晓旭 | 2017 | 何生 |
| 第十四届中国青年科技奖 | 蒋毅 | 2016 | / |
| 恒源祥英才奖一等奖 | 范晓旭 | 2016 | 何生 |
| 宝洁优秀研究生奖学金 | 吴蓓蓓 | 2016 | 赫荣乔 |
| 宝洁优秀研究生奖学金 | 邓健文 | 2016 | 吴瑛 |
| 院长特别奖 | 尚从平 | 2016 | 曹鹏 |
| 中国科学院朱李月华优秀教师奖 | 蒋毅 | 2016 | / |
| 中国科学院优秀导师奖 | 曹鹏 | 2016 | / |
| 中科院优秀博士学位论文奖 | 赵科 | 2015 | 傅小兰 |
| 中国科学院优秀研究生指导教师 | 傅小兰 | 2015 | / |
| 国家奖学金 | 尚从平 | 2015 | 曹鹏 |
| 国家奖学金 | 伍洪刚 | 2015 | 焦仁杰 |
| 国家奖学金 | 朱倩雯 | 2015 | 孙坚原 |
| 恒源祥英才奖一等奖 | 尚从平 | 2015 | 曹鹏 |
| 国家奖学金 | 高山 | 2014 | 朱岩 |
| 国家奖学金 | 宋坤 | 2014 | 陈霖 |
| 国家奖学金 | 吴荣 | 2014 | 袁增强 |
| 台湾港澳及华侨学生一等奖学金 | 陈宥辛 | 2014 | 傅小兰 |
| 中国科学院院长优秀奖 | 顔文靖 | 2014 | 傅小兰 |
| 朱李月华奖学金 | 赵楠 | 2014 | 傅小兰 |
| 国家奖学金 | 颜文靖 | 2013 | 傅小兰 |
| 国家奖学金 | 苗馨元 | 2013 | 卓彦 |
| 国家奖学金 | 丛飞 | 2013 | 卓彦 |
| 国家奖学金 | 苗君叶 | 2013 | 赫荣乔 |
| 国家奖学金 | 强敏 | 2013 | 赫荣乔 |
| 国家奖学金 | 于忠胜 | 2013 | 焦仁杰 |
| 朱李月华优秀教师奖 | 袁增强 | 2013 | / |
| 中科院优秀博士学位论文 | 王莉 | 2012 | 蒋毅 |
| 国家奖学金 | 赵楠 | 2012 | 傅小兰 |
| 国家奖学金 | 丛飞 | 2012 | 卓彦 |
| 国家奖学金 | 柏玉洁 | 2012 | 袁增强 |
| 国家奖学金 | 苗君叶 | 2012 | 赫荣乔 |
| 北京生命科学研究院杰出研究生 | 王莉 | 2012 | 蒋毅 |
| 中国科学院院长特别奖 | 黄海 | 2011 | 焦仁杰 |
| 中国科学院院长优秀奖 | 刘开力 | 2011 | 赫荣乔 |
| 中国科学院院长优秀奖 | 肖磊 | 2011 | 袁增强 |
| 朱李月华优秀博士生奖学金 | 万莉 | 2011 | 赵保路 |
| 朱李月华优秀博士 | 汪波 | 2010 | 傅小兰 |
| 朱李月华优秀博士 | 杜贵平 | 2010 | 焦仁杰 |
| 中国科学院朱李月华优秀教师奖 | 傅小兰 | 2009 | / |
| 张香桐神经科学研究生论文一等奖 | 杨艳 | 2009 | 王书荣 |
| BHP Billton“导师科研奖” | 傅小兰 | 2009 | / |
| 中国科学院研究生院杰出教师 | 郭爱克 | 2008 | / |
| 中国科学院研究生院杰出教师 | 王书荣 | 2008 | / |
| 朱李月华奖教金 | 汪云九 | 2008 | / |
| 中国科学院优秀博士学位论文奖 | 刘刚 | 2007 | 刘力 |
| 中国科学院研究生院优秀教师 | 王书荣 | 2006 | / |
| 中国科学院华为奖教金 | 傅小兰 | 2006 | / |
| 中国科学院研究生院优秀教师 | 傅小兰 | 2006 | / |